הכתוב קובע חריג: מעיין ובור מקווה מים יהיה טהור, ואילו הנוגע בנבלתם יטמא. רש״י מבאר שמעיין ובור המחוברים לקרקע אינם מקבלים טומאה, ועוד לומדים מן הלשון שהטובל בהם מיטהר מטומאתו. עוד מבאר ש״ונוגע בנבלתם יטמא״ מלמד שאפילו הוא בתוך מעיין ובור, אם נוגע בטומאה יטמא. אבן עזרא מבאר ש״באר״ בלשון נקבה היא הנובעת, ושבור כרוי או חפור. הפסוק מלמד שמים המחוברים לקרקע, מעיין ובור מקווה, אינם מקבלים טומאה ואף מטהרים את הטובל בהם. עם זאת, הנוגע בנבלה בתוך המים יטמא, שכן המים אינם מבטלים את טומאת הנגיעה עצמה, אלא רק אינם נטמאים בעצמם.
באר. בלשון הקדש לשון נקבה והיא הנובעת וכן כהקיר ברר מימיה ובור כרוי או חפור למטה השמים אם כן תהיה הבאר כמו מעיין ואין צורך להזכיר הנחל ויהיה מקוה מים סמוך אל בור כי יש בור אין בו מים ויש אומרים כי הוא חסר וי״ו כמו ראובן שמעון שמש ירח:
