לאחר נצחון דוד יצאו הנשים לשיר ״הִכָּה שָׁאוּל בַּאֲלָפָיו וְדָוִד בְּרִבְבֹתָיו״. שאול חרה מאוד, ״וַיְהִי שָׁאוּל עוֹיֵן אֶת דָּוִד״. פעמים ניסה להכותו בחנית. יְהוֹנָתָן בן שאול אהב את דוד כנפשו, וכרת עמו ברית, והזהירו מפני אביו. דוד נאלץ לברוח, ונדד במדבר עם אנשיו, ושאול רדף אחריו לבקש את נפשו.
פעם נכנס שאול למערה בעין גדי, ודוד ואנשיו היו בירכתי המערה. אנשיו אמרו לו כי זו שעת הכושר, אך דוד ״וַיִּכְרֹת אֶת כְּנַף הַמְּעִיל אֲשֶׁר לְשָׁאוּל בַּלָּט״ בלבד, וליבו הכהו על כך. הוא סירב לשלוח יד ״בִּמְשִׁיחַ ה'״.
כשיצא שאול, קרא דוד אחריו והראה לו את כנף המעיל: ״רְאֵה גַם רְאֵה אֶת כְּנַף מְעִילְךָ בְּיָדִי... דַּע וּרְאֵה כִּי אֵין בְּיָדִי רָעָה וָפֶשַׁע״. שאול בכה ואמר ״צַדִּיק אַתָּה מִמֶּנִּי״. גם במעשה נוסף, כשחדר דוד למחנה שאול ולקח את חניתו ואת צפחת המים, חמל עליו ולא הרגו. הסיפור מבליט את אצילותו של דוד כלפי רודפו.
סיפור דוד ושאול מלמד על ריסון וכבוד גם כלפי אויב: דוד נמנע מלפגוע ב״משיח ה'״ אף שיכול. הידידות בין דוד ליהונתן היא מופת של נאמנות מעל אינטרס אישי.