הפסוק פותח שלב חדש לגמרי: ה׳ ממנה דג גדול לבלוע את יונה, והוא שוהה במעיו שלושה ימים ושלושה לילות. רש״י מביא את דברי חז״ל שהדג הראשון היה זכר ויונה עמד בתוכו ברווח, ומשום כך לא נתן את לבו להתפלל, ולכן רמז הקדוש ברוך הוא לדג והקיאו אל תוך פיה של נקבה מלאה עוברים, ושם עמד בדוחק והתפלל. אבן עזרא מבאר ש״וימן״ הוא מלשון זימון, ומדגיש שאין בכוח אדם לחיות במעי דגה אפילו שעה אחת, וכל שכן פרק זמן כזה, ואין הדבר אלא מעשה נס גמור.
דג גדול. זכר היה והיה עומד בריוח ולא נתן לב להתפלל רמז הקב"ה לדג והקיאו לתוך פיה של נקבה שהיתה מלאה עוברי' והיה שם בדוחק ויתפלל שם שנאמר ממעי הדגה: (וימן ה׳. אותן ט״ז יום שחסרו ישראל מן המן שלא אכלו מ׳ שנים שלימים המן זה לקח הקב״ה ופירנס את הדג שלא יעוכל יונה במעיו וגם יונה אכל בתוכו מזה המן לכן נאמר וימן אותיות י״ו מ״ן וכן וימ״ן קיקיון שהיה אוכל ד' עומרים לכן נאמר ד' פעמים וימן ובלשון יון נקרא מן קיקא ועל זה נאמר קי״ק יו״ן. סוד מישרים):
וימן ה' דג גדול, ה' הזמין במקום הזה דג גדול שבלעו כולו שלם ולא שבר עצמותיו, וזה ידוע שמן הנמנע שיחיה אדם במעי הדג אפי' שעה אחת, שהאדם צריך שאיפת רוח קר מבחוץ, אולם באשר כבר נגזר עליו מיתה ונחשב כאילו נולד שנית שם לו ה' טבע העובר, הנוצר ומתקיים ט' חדשים במעי אמו מבלי שאיפת רוח כמ"ש הרי"א והיה זה א' מפלאי הבורא כנס של חנניה מישאל ועזריה בכבשן האש וכדומה: